OMÜ İlahiyat Fakültesi ilk önce 1976 yılında Milli Eğitim Bakanlığı’na bağlı Yüksek İslam Enstitüsü olarak kurulmuş olup o tarihte, Samsun İlim Yayma Vakfı’na ait bir binada 149 öğrenci ile eğitime başlamıştır. 20 Temmuz 1982 tarih ve 41 sayılı kanun hükmünde kararname ile Türkiye’deki Yüksek İslam Enstitüleri fakülteye dönüştürülünce Samsun Yüksek İslam Enstitüsü de İlahiyat Fakültesi adıyla OMÜ bünyesine dâhil edilmiştir. Dönüştürme işleminden sonra bir süre daha eski yerinde eğitim öğretim faaliyetlerine devam eden fakülte 1983 yılında o zamanlar Atakum kampüsünde bulunan Eğitim Fakültesi binalarından birine nakledilmiştir. T binası olarak anılan binada yaklaşık altı yıl hizmet veren fakülte 1989 yılında yine geçici olarak Kurupelit Yerleşkesi içerisindeki Tıp Fakültesi’ne ait binalarda eğitim öğretime devam etmiştir. Fakülte 1996-1997 eğitim öğretim yılında kendi binasına taşınarak halen içinde bulunduğu bu binada faaliyetlerini sürdürmektedir.
Fakültemiz akademik olarak Temel İslam Bilimleri, Felsefe ve Din Bilimleri, İslam Tarihi ve Sanatları şeklinde üç bölümden oluşmakta olup, halen aktif halde örgün eğitim 1. ve 2. öğretim İlahiyat Lisans programı ile uzaktan eğitim veren İlahiyat Lisans Tamamlama (İLİTAM) programına sahiptir. Bu programlarda 26 Profesör , 13 Doçent, 16 Doktor Öğretim Üyesi, 6 Öğretim Görevlisi ,28 Araştırma Görevlisi olmak üzere toplam 89 Öğretim elemanı eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.
Fakültede eğitim süresi Zorunlu Arapça Hazırlık Sınıfı ile birlikte 5 yıldır. Ancak her güz dönemi başında yapılan muafiyet sınavında başarılı olan öğrenciler hazırlık sınıfını okumadan doğrudan 1.sınıf'tan eğitim hayatına başlayabilmektedir.
Çok nezih bir bahçe ve çevreye sahip olan fakültemizde 370 kişilik konferans salonu, 2 amfi, 15 dershane, öğrenci kantini, musiki odası, sanat atölyesi, kütüphane, okuma salonu, öğretim elemanı odaları, sunu sınıfları ve geniş dinlenme alanları ile hizmet verilmektedir.
1986’da yayın hayatına başlayan fakülte dergimiz halen periyodik halde yılda iki kez neşredilmektedir. Fakültemiz akreditasyon süreci içerisinde olup bu konuda çalışmalar devam etmektedir.